La Prélature est gouvernée par un prélat, qui est nommé par le pape. Dans chaque circonscription territoriale de l’Opus Dei dans le monde, le prélat est assisté par un vicaire. Celui-ci est aidé par deux conseils, la commission régionale pour la section masculine, et le conseil régional, pour la section féminine.

En Belgique et au Luxembourg, le vicaire régional est actuellement l’abbé Etienne Montero. Il est né à Bruxelles en 1964. Engagé dans l’Opus Dei depuis les années 80, il a été ordonné prêtre à Rome en 2017. Docteur en droit (avec thèse) et licencié en théologie, il est également auteur d’une thèse de doctorat en théologie morale fondamentale. En 1988, il a entamé une carrière dans la recherche et l’enseignement universitaire. Nommé professeur ordinaire à l’Université de Namur en 2006, il a été Doyen de la faculté de droit de 2009 à 2015. Spécialiste de droit civil et droit privé du numérique, il a longtemps enseigné ces matières à l’Université de Namur. Il a été professeur invité dans plusieurs universités. Il a dirigé plusieurs contrats de recherche et thèses de doctorat. Auteur de nombreuses publications, il a aussi assuré de multiples missions d’expertise. Actuellement, il enseigne la philosophie du droit.

Le siège de la Prélature se trouve à l’avenue de la Floride, 112 à 1180 Bruxelles.